1646 г. – знакомство Алексея Михайловича с Никоном, игуменом Кожеозерского монастыря в Архангельской губернии. Никон посвящен патриархом Иосифом в архимандриты московского Новоспасского монастыря.
1648 – 1652 гг. – деятельность «кружка ревнителей древнего благочестия». В кружок входили духовник Алексея Михайловича Стефан Вонифатьев, Никон, протопоп Аввакум, окольничий Федор Ртищев и др. Ревнители стремились к исправлению церковных книг и унификации обрядов, выступали против «многогласия», т.е. одновременного чтения нескольких частей церковной службы.
1649 г. – начало исправления церковных богослужебных книг.
1649 г. – создание Монастырского приказа, ведавшего всеми церковными землями, кроме патриарших.
1649 г. – возведение архимандрита Никона в сан митрополита Новгородского и Великолуцкого.
Апрель 1652 г. – смерть патриарха Иосифа.
Июль 1652 г. – возведение церковным собором на патриарший престол Никона.
Весна 1653 г. – начало проведения церковной реформы. Никон заменил обычай креститься двумя перстами троеперстием, велел произносить слово «аллилуйя» не дважды, а трижды двигаться вокруг аналоя не по солнцу, а против него. Реформа не затрагивала догматов, т.е. самой сути веры, а относилась к чисто внешней обрядности.
Декабрь 1653 г. – январь 1654 г. – церковный собор. Одобрение реформ Никона. Начало раскола Русской православной церкви на никониан и старообрядцев.
1656 г. – церковный собор. Отлучение от церкви старообрядцев, не принявших церковную реформу Никона.
1658 г. – разрыв царя Алексея Михайловича с патриархом Московским Никоном (пока царь воевал с Польшей, патриарх Никон возомнил себя не просто вторым государем, а стал ставить себя выше самодержца. Таких претензий на политическое первенство царь терпеть не стал).
1658 г. – Никон, не отказавшись от сана патриарха Русской православной церкви, оставил кафедру и удалился из Москвы в Новоиерусалимский Воскресенский монастырь.
Февраль 1666 г. – Июль 1667 г. – участие Алексея Михайловича в работе Большого церковного собора; суд и низложение из сана патриарха Никона, ссылка его в Ферапонтов монастырь; осуждение собором старообрядцев.
1668 – 1676 гг. – восстание монахов Соловецкого монастыря, отказавшихся принять церковную реформу Никона.